NERO研究所是游戏进程中的重要环节，这些研究所通常隐藏着关键剧情线索和强化角色能力的注射剂。由于研究所分布在不同地形且被大量感染者或敌对势力包围，进入方法需要结合环境观察、装备准备和战术规划。
研究所主要分为山洞型和开放区域型两种。山洞型研究所通常位于洞穴深处，内部聚集了大量狂暴者，直接强攻风险极高。开放区域型研究所则多设在废弃建筑或检查站附近，周围可能有巡逻的敌对人类或零星感染者。针对不同类型的研究所，玩家需提前标记敌人位置，利用地形掩护或制造声响分散注意力。夜间行动可降低被发现的概率，但需注意感染者活跃度会随昼夜变化。
摩托车是探索研究所的重要工具，尤其是需要跨越断崖或快速撤离时。部分研究所入口位于悬崖对面，需将摩托车的氮气加速和发动机性能升级至满级，借助冲刺飞跃断崖。若研究所位于尸潮巢穴内，则必须优先清理尸潮才能安全进入。游戏中的环境互动元素如油罐、发电机可被引爆制造混乱，为潜入创造机会。
潜入研究所的核心在于资源管理和路线规划。消音武器、遥控炸弹和燃烧瓶是首选装备，可无声清除敌人或阻断追击。若研究所被尸潮占据，可等待尸群外出觅食时快速潜入，或利用燃烧弹诱导其离开巢穴。部分研究所需要修复发电机启动电子门，需警惕噪音吸引的敌人。成功后，优先收集注射剂和剧情文件，避免重复探索。
