口袋妖怪火红前往5岛，需要先通关一周目、集齐图鉴60只宝可梦升级全国图鉴，完成一之岛红宝石剧情解锁彩虹船票，再配合六之岛密码剧情，就能通过枯叶市渡轮自由前往五岛。
玩家先要打完关都全部道馆、战胜四大天王通关一周目，回到真新镇找大木博士，满足图鉴收录60种不同宝可梦的条件后，即可解锁全国图鉴权限。之后前往枯叶市港口，搭乘海狮号渡轮前往一之岛，在岛上精灵中心与正辉研究员对话触发宝石任务，前往灯火山右侧击败挡路的火箭队队员，进入洞窟依靠碎岩解谜找到红宝石，交还宝石后研究员就会升级船票为彩虹通行证，解锁四、五、六、七岛全部航行权限。
拿到彩虹船票后可以先坐船抵达五岛，但岛上火箭队仓库无法进入，必须前往六之岛推进配套剧情。从六之岛右侧前往标记森林，走到岛屿南端找到点之穴，使用居合斩劈开洞穴大门，按照上、左、右、下的顺序掉入洞窟，就能找到蓝宝石，宝物会被火箭队研究员夺走，同时解锁仓库两组核心密码，记住密码顺序就能返回五岛行动。
回到五岛后先前往西侧小岛对接老人支线，进入不归洞穴击败对战NPC完成委托，顺着岛屿东岸找到火箭队秘密仓库，输入两组对应密码打开大门，深入仓库清理所有火箭队杂兵，击败抢走宝石的研究员夺回蓝宝石。全程建议携带会冲浪、居合斩、碎岩、攀瀑的宝可梦，备好解毒、混乱恢复道具，应对岛上特殊异常状态对战，拿到蓝宝石后交还一之岛研究员，七岛全部航线永久开放。
五岛区域有着独特的稀有野生宝可梦、宝可梦培育彩蛋与隐藏道具，岛屿上方冲浪可领取稀有精灵蛋，不归洞穴多层迷宫能收集大量珍贵技能机器，完成全部岛屿剧情后，还能解锁更多对战场地与限定捕捉内容，后续往返五岛只需在枯叶市码头直接选择目的地，无需重复解锁前置剧情，探索效率大幅提升。
