更换舰长的前提是获取新的舰长，游戏中的舰长主要通过招募获得，使用舰长雇佣合同书是其主要途径，合同书分为中级和高级，分别对应不同的舰长品质获取概率。舰长依据品质分为精英、英雄、史诗、传奇四个等级，品质越高，其初始能力、成长潜力以及所能驾驶舰船的科技等级也越高，传奇舰长甚至能解锁科技等级为T3的舰船。舰长依据职业分为军人、科学家、工程师、探险家四种，职业决定了舰长的特长偏好和主要用途，例如军人擅长战斗援护，科学家擅长加速科研。在考虑更换舰长时，首先要明确自己的需求，是侧重于战斗、后勤加速还是资源采集，以便有针对性地获取和选择对应职业与品质的舰长。
获取心仪的舰长后，下一步是将其设置为可用的作战单位，这主要通过舰长系统的援护设置功能实现。玩家最多可以预先设定三名舰长作为援护队列，他们将在玩家进行战斗时按照预设的顺位出击提供支援。当第一位援护舰长被击毁后，系统会自动召唤队列中的下一位舰长接替作战。设置援护舰长的操作并不复杂，在舰长管理界面中找到设为援护或援护设置按钮即可进行配置。当需要更换援护阵容时，玩家可以随时点击替换援护来将新的舰长加入队列，或使用撤销援护移出现有的舰长。一个实用的策略是确保你的三名援护舰长所能驾驶的舰船类型尽可能覆盖全面，以应对不同场景对入场舰船类型的限制。
除了在援护队列中主动替换，游戏中还存在另一种形式的更换，即通过退役功能来迭代舰长团队。游戏进程的推进，玩家可能会获得更优质或更符合当前发展策略的舰长，这时可以考虑将早期培养的、作用较低的舰长退役。退役舰长时，玩家可以选择该舰长已习得的一个特长，有一定概率将其转化为名为特长芯片的道具。这种R1品质的特长芯片是后期培养和定制核心舰长的关键资源，它可以用于为目标舰长人为地添加新的后天特长，或者有概率覆盖其已有的某个特长，从而实现舰长技能配置的主动更换与优化。
舰长的更换与培养是一个持续优化的过程，其根本目的是提升整体战斗力或后勤效率。舰长的强度不仅取决于其先天品质和职业，更与后天的等级、技能以及所驾驶的舰船息息相关。新获得的舰长通常需要投入资源进行培养，例如通过派遣执行任务或使用记忆移植体来快速提升等级，解锁更高级的舰船和技能。在做出更换决定时，需要综合权衡新舰长的潜力与培养现有舰长所需的成本。一个精心培养的高等级、拥有合适特长的精英或英雄舰长，在特定阶段的实用价值可能远胜于一个未经培养的高品质舰长。
