副本系统是游戏核心玩法的重要组成部分，进入这些挑战关卡是提升角色实力和获取资源的关键途径。游戏中的副本入口通常整合在主界面的各个功能模块中，例如通过主界面上的前往作战或类似按钮可以进入包含多种挑战的汇总页面。管理员日常需要完成的历战轮回与黑区净化等副本均在此界面中，它们构成了游戏日常玩法与资源产出的基础。这些副本的解锁往往与管理员等级或主线进度挂钩，推进游戏主线剧情是解锁更多高级副本的前提。
针对不同类型的副本，其进入方式和挑战目标存在差异。黑区净化副本主要产出刻印及重构道具，是提升角色装备的重要来源；多维变量作为一种高自由度的Roguelike玩法副本，则提供通用五星武器等奖励，其入口在开放后可在对应玩法区域找到。而梦境再构作为需要两队角色参与的循环挑战副本，则是获取角色碎片等资源的场所，通常在联合特勤等模块中进入。这些副本每周或每日有次数限制，需要合理规划挑战以最大化收益。
活动副本是限时开放的特殊挑战，其入口一般位于游戏主界面的醒目位置，例如当期活动横幅或专属活动页面。这类副本会伴游戏版本更新或节日活动推出，提供包括限定材料、角色养成道具在内的丰富奖励，是追赶进度或获取稀有资源的重要机会。管理员应关注游戏内的公告与活动提示，及时参与以免错过。联合特勤作为日常玩法的一部分，每天提供可刷新的任务，其中遇到的S级或A级任务本质上也是一种副本挑战，完成它们可以获得额外奖励。
除了常规与活动副本，游戏内还存在如因果观测这类常驻挑战模式关卡，它通常被设计为探索性关卡，玩家需要在场景中寻找钥匙并抵达终点，有时还需完成特定条件以获取盖亚之键的奖励。历战轮回则是一种爬塔模式，通过战胜层层敌人来获取游戏货币等奖励。这些副本的进入同样依赖于主线进度的推进和特定功能的解锁，是检验队伍综合实力和获取额外资源的途径。
